La EP se cree que es un problema psicológico (aunque algunos estudios recientes apuntan a que en ciertos individuos puede tener origen genético y estar relacionada con los niveles de serotonina).

No presenta ninguna enfermedad orgánica conocida asociada, incluídos los desórdenes del aparato reproductivo masculino o las lesiones cerebrales o del sistema nervioso. Los órganos directamente afectados por la EP incluyen el aparato reproductivo masculino (es decir, pene, próstata, vesículas seminales, testículos, y sus apéndices), las partes del sistema nervioso central y periférico que controlan el aparato reproductor masculino, y los órganos reproductores de la pareja sexual (a los efectos de esta discusión, la pareja se supone que es hembra) que no pueden ser estimulados lo suficiente como para alcanzar el orgasmo.

En casos extremos de EP, si la eyaculación se produce de manera tan temprana que ocurre antes del comienzo de la relación sexual y la pareja está intentando el embarazo, este es imposible de lograr a menos que se utilice inseminación artificial. Tal vez el órgano más afectado es el psique de la pareja. Ambos miembros de la pareja son susceptibles de verse insatisfechos emocional y físicamente por este problema. En dichos casos curar eyaculacion precoz es una necesidad enorme para evitar daños psicológicos, baja autoestima o episodios depresivos.

La eyaculacion precos ha sido históricamente considerado un trastorno psicológico. Una teoría es que los hombres están condicionados por las presiones sociales para llegar a un clímax en poco tiempo, por miedo a ser descubiertos cuando se masturbaban durante la adolescencia o en los primeros meses de experiencias sexuales “en el asiento trasero del coche” o con una prostituta. Este patrón de rápida realización de liberación sexual es difícil de cambiar en el estado marital o en relaciones a largo plazo. El hecho de que la excitación y consiguiente orgasmo en la mujer requiere más tiempo que la excitación masculina está siendo reconocido cada vez más, y esto puede resultar en un mayor reconocimiento y definición de la EP como un problema.

Algunos expertos han cuestionado si la EP es puramente psicológica y si el tratamiento eyaculacion precoz debe ser únicamente a base de terapia. Una serie de investigadores han encontrado diferencias en el sistema nervioso, tiempos de latencia y diferencias hormonales en los hombres que experimentan EP en comparación con los individuos que no lo hacen. La teoría es que algunos hombres tienen hiperexcitabilidad o hipersensibilidad en sus órganos genitales, impidiéndoles estas el control eyaculatorio y el retraso del orgasmo.

Así mismo, estudios recientes, apuntan a que la presencia de cierto gen puede estar relacionada con la aparición de episodios de eyaculación precoz.

Se podría encontrar algún sentido lógico, desde un punto de vista evolutivo, a que los hombres que pueden eyacular rápidamente tendrían más probabilidades de éxito en fertilizar una mujer que los hombres que requieren prolongada estimulación para llegar al clímax. (Esto se aplica al desarrollo evolutivo prehistórico; poca evolución humana, si es que alguna, se ha producido en los últimos 5000 años). Los genes de una persona que eyaculase rápidamente (pero no tan rápidamente que la eyaculación se produjera antes de la penetración) tendría más probabilidades de ser heredada por las generaciones venideras. El macho que no completara el proceso de fertilización rápidamente podría ser desplazado o herido por un pretendiente del sexo masculino a causa de su evidente vulnerabilidad durante el coito.